Naturverhältnisse
Die Höhle bildete sich in mesozoischen hellen Wettersteinkalken der mittleren Trias in der Silica-Scholle entlang tektonischer Störungen durch die korrosive und erosive Wirkung des unterirdischen Flusses Styx, des Baches Domický potok und kleinerer Zuflüsse, die vor allem Wasser aus dem Einzugsgebiet außerhalb des Karstes in die Höhle ableiten. Es dominieren horizontale ovale Gänge mit Deckenflussbetten. Die Gänge sind stellenweise zu Domen und Sälen vergrößert. Der Gang des Styx hat fast den Charakter eines unterirdischen Cañons mit Mäandern. Drei Entwicklungsebenen liegen in einer relativen Absenkung von 8 bis 12 m. Die tiefste Ebene ist mit Kies- und Lehmablagerungen ausgefüllt.
Domica ist mit der Höhle Čertova diera – verbunden – zusammen erreichen sie eine Länge von 5358 m. Sie bilden eine genetische Einheit mit der Höhle Baradla in Ungarn mit einer Gesamtlänge von etwa 25 km, davon befindet sich nicht ganz 1/4 auf dem Gebiet der Slowakei.
Von den vielfältigen Sintergebilden sind für die Höhle Domica vor allem Schilde und Trommeln, Kaskadenseen (Rímske kúpele, Plitvické jazierka), zwiebelförmige Stalaktite und pagodenartige Stalagmite typisch. Die Lufttemperatur in der Höhle beträgt 10,2 bis 11,4°C, die relative Feuchtigkeit 95 bis 98 %.
Im Gang Suchá chodba legte man Knochen des Höhlenbären frei (Ursus spelaeus). In den Höhlen Domica und Čertova diera ermittelte man bis jetzt 16 Fledermausgattungen. Dominant ist die Mittelmeer-Hufeisennase (Rhinolophus euryale), mit einer Kolonie von 1000 bis 2000 Tieren, der einzigen dieser Art in der Slowakei. An einigen Stellen befinden sich starke Fledermauskotschichten – Guano. Durch ihre chemische Einwirkung auf Sintergebilde entstanden Guanotöpfe. Von den kleinen Wirbellosen ermittelte man 44 Gattungen der Höhlencollembolen (am bedeutendsten ist der Endemit Arrhopalites slovacicus), den seltenen Tasterläufer Eukoenenia spelaea, den Tastfüßler Typhloiulus sp., den Krebs Niphargus tatrensis und viele weitere Arten der Binnen- und Wasserweltfauna.